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高杜神社の本社は高山村の南側の集落に位置し、杉の社叢に囲まれた長い参道を持つ神社である。
傾斜地に建っているため、参道も急な勾配となっており、鳥居から正しく参拝するには多少の体力が必要である。
とはいっても、飯山市小菅神社のような山の中に建っているわけではないので、社殿のすぐ近くまで車で向かうこともできる。

社地の正面には、神楽殿が建ち、その背後に本社と本殿が控えている。
本社は拝殿の役割を持ち、間口が7メートルほど。
本殿の覆屋部分と棟を直行させた橦木造となっている。
1782年の建築と言われており、亀原氏の建立となっている。

本殿は、覆屋の中に納められた二間社の流造となっており、建築は1848年、本社と同じ亀原氏、嘉重である。
正面の扉を4枚として、一連の両折戸とし、向拝の木鼻を振り向きの龍としている。
覆屋の中に本殿があるため、外部から見ることはできないが、亀原嘉重の代表する建築となっている。