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日本第3位の標高3190mの奥穂高岳山頂に鎮座している。
里宮は安曇野市穂高に祀られる穂高神社にあり、上高地の明神池の畔には奥宮がおかれている。
北アルプスの総鎮守と呼ばれており、穂高岳の山頂にあるところから象徴的な社殿となっている。

奥穂高岳の山頂、白い石で作られたケルンの上に小さな社殿が置かれ、ケルンの下には石造りの祠と社標が立てられている。
多くの登山者がこの社殿の前で記念撮影を行い、その眺望は穂高岳連峰の嶺々や北アルプス、遠く南アルプスや八ヶ岳、富士山などを見渡すことができる。